El Consorcio cuenta con una estructura racionalizada con base en la descentralización, que se concreta en sus 18 delegaciones regionales y en una red de profesionales independientes designados para peritar los siniestros. Un Consejo de Administración, la mitad de cuyos miembros son directivos de las entidades aseguradoras privadas más importantes del mercado español, tiene encomendada la alta administración de la sociedad, mientras que el funcionamiento operativo corre a cargo de los órganos de dirección, estructurados fundamentalmente en la Dirección General y en las direcciones de ella dependientes: Dirección Financiera, Dirección de Operaciones, Dirección de Sistemas y Tecnologías de la Información y Secretaría General (ver Servicios Centrales).